コンソールアプリならsubprocess.call('java -jar 解析ソフト.jar', stdin=open('in.txt'))でいいと思います。
またcommunicateやスレッドの話もなしにpopenの紹介はちょっと危ないです。
推奨と可能・不可能は違うし、/dev/consoleの考慮とかもしてるdodox86以外やばいってことですね。
BBR-MD5:CoPiPe-24188e468822d5b0047ebf6a50e538ec(NEW)
BBS_COPIPE=Lv:0
PID: 47600
[0.214559 sec.]
This is Original