ストーリー
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宇宙暦6658年に起こった惑星グラディウスと亜時空星団バクテリアンとの戦いである「闇の女神戦」は、超時空戦闘機ビックバイパーの活躍によりグラディウス側の勝利に終わった。

その後、ビックバイパーに搭載されていたリークパワーエンジンが注目され、新たな推進システム「ハイパードライブシステムII (Hyper Drive System II)」を搭載した新型戦闘機「メタリオン」の開発が進められていた。しかし、宇宙歴6664年、メタリオンの開発に当たっていたヴェノム博士が突如としてクーデターを起こす。クーデターはグラディウス軍によって鎮圧され、ヴェノム博士は惑星サードへと追放された[1]。

それから2年後の宇宙歴6666年、グラディウスの7つのスペース・プラントが一斉に音信を絶った。バクテリアンの手を借り惑星サードから脱出しサイボーグ手術によりその能力を最大限に引き出されたヴェノム博士が、バクテリアンの艦隊を率いてグラディウスへと侵略を開始、7つの植民星を占領したことが判明。後に言う「サイレント・ナイトメア事件」である[1]。

グラディウスに再び危機が迫る中、最新鋭の超時空戦闘機「メタリオン」に出撃命令が下った。そのパイロットは8年前、ビックバイパーでバクテリアンを撃退したジェイムス・バートンである[1]。