ソフトの機能だのテクだのあるとは思うけども
単純にトーンの線数を下げては？
と、いいますか、見る側の環境で表示サイズが変わるwebとトーンって相性悪いのですよ
そもそもトーンは薄墨の処理なんかが高かった時代に
モノクロ印刷でグレーを安価で表現するための工夫ですので
現在はマンガらしさにもなっていますからマンガではいいですけども
一枚イラストで見せる場合にトーンを使う意味がほぼほぼないといいますか
扉ならともかくコマの中へのトーンの貼り方になるとまた違ってきますので
イラスト練習とトーン貼り練習は分けてはいかがでしょう