俺は殆ど感じないのだけど、ブルーライトの影響を受けやすい人はいるから
頭痛がかなり酷いという事ならば、俗に言う「PC眼鏡」とか試してみたらどうだろうか

それとアナログ（紙上作業）でもデジタル（PC作業）でも、どちらも自分の手を動かしてる事に変わりないので
デジタル作業でも一発でスイスイ描ける様になれば、紙の上でもあまり関係ないような気がする

マンガ原稿用紙にトーン貼ったりエアブラシでインク吹き付けたりホワイト修正するとかの話じゃなく
きっと線画レベルで終わる話でしょ？その部分はどっちで作業してもあまり変わらないよ