線画に沿って発生する隙間ならバケツツールを使かっている時にウィンドウ上部を見てみると「拡張」がある

これ使うと任意の数値で広めに塗りつぶされる

ちょっと雑目の線画で試してみたが3pxの線画でも1px拡張でまぁ許容範囲かと

なお、線画の小さい隙間なら「隣の隙間閉じ」もONにして塗ればある程度はカバーできるはず

それでも気になる箇所は手描きで塗るか、ウィンドウ上部の「フィルタ」→「ガウスぼかし」で2pxくらいぼかしてごまかしてみるとかあるよ