線画レイヤーの上に新規レイヤー作って右クリックして
レイヤー設定から「下のレイヤーにクリッピング」のチェック入れると
線画レイヤーに何か描かれてる上にだけ表示されるレイヤーが作れるから
そこに色塗ると線画だけ簡単に色変えたり出来ます、けどそういうことではないのかな
https://i.imgur.com/Mpruhha.jpg