取り敢えず、directoryindex以外の復元と動作テストが終了いたしました。
現在はUAでの拒否はしておりませんので、PCからでも見られると思います。

http://c.2ch.net/ → 建設予定地
http://c.2ch.net/x/ → メニュー カテゴリ一覧(i2ch.netではこのx.phpがdirectoryindexで指定されておりました)
http://c.2ch.net/!.h → 案内

BIG-Serverさんによりますと、
i2ch.netの過負荷の最大の原因は、キャッシュファイルを多く取りすぎたことにあったようです。
各サーバから取得したsubject.txt及びログdatなどは、そのままのファイルで保存されます。
1ディレクトリあたり500〜1000ファイルになっておりました。
このファイルをシステムが検索する際に、大きな負荷が発生していたそうです。
特に、共有サーバであったため、
同居の他のサイト様もピークタイムとなる21時〜25時までの間は、
負荷の為表示がなされないという状態でした。
(ただ、この間もFTPやtelnet等は問題ないレスポンスを維持していたように思います。)

帯域の使用状況を計測する為、2chからのdat、subjectの転送量(in)及び、
HTML表示の転送量(out)を概算で求めてみたのですが、
時間あたり30,000件のアクセスで、約1Mbps程使用しておりました。(ピークタイム)
アクセス数に対してキャッシュが少ないため、転送量がかさんでいたかと思います。
ただ使用できるディスクスペースや、1ディレクトリ当たりのファイル数との兼ね合いから、
ライブログのキャッシュは1000ファイルとしておりました。