多分、content-typeをブラウザが誤認しているんでしょうね
application/xhtml+xml をmetaタグで指定して、ヘッダーはtext/htmlになっていたのはそのためでしょう

暫定策として、pukiwiki.skin.ja.phpの
header('Content-Type: application/xhtml+xml; charset=EUC-JP');　を
header('Content-Type: text/html; charset=EUC-JP');　に戻してみてはどうでしょうか