突然のLA上昇がOSの問題ではなく、apacheのKeepAliveの設定変更によるという可能性を探ると
考えられるのは、多数のread.cgiがpipeliedで呼び出されているのかもしれないですね。

通常の静的なコンテンツならば、pipelinedでもリクエスト順に１つずつ処理されるはずですが
cgi呼び出しを含む場合、apacheの仕組みとして
どんどん(forkしながら)子プロセスを同時実行して結果を受け取り、
返信する時にリクエスト順に返す、みたいになってるかもしれません(知りませんが)。
もしそうなら、100件のread.cgi呼び出しを含むリクエストが来た時
一瞬のうちに100個のプロセスがアクティブになってしまうので。

REQUEST_URIに.cgiが含まれるものは、NoKeepAliveにしたほうがいいかもしれないです。