Perl側を変えないとすると、こうかな。
# まだ入れてない。

LoadModule speedycgi_module libexec/apache2/mod_speedycgi.so

# まずは安全のため、機を見てコメントアウトとか数字を増やすとか
<IfModule mod_speedycgi.c>
MaxRuns 0
</IfModule>

# bbs.cgiだけSpeedyCGIにしてみる
<IfModule mod_speedycgi.c>
<Files bbs.cgi>
SetHandler speedycgi-script
</Files>
</IfModule>