あんまり2chの鯖の仕組みや、運営方法は知らないんであれだけども
種に関わらずに放送中のアニメに対して、大体は週に1回放送だろうから
それを前提として

本スレ＝話数と同じ進行（週に１スレ）
既存スレは一度全て削除し、種なら例えば来週6話なので
放送開始と共に、運営がSEED−６−を立てる。
さらに放送終了後に第6話について語り合うスレを運営が１スレ作成

本編に関するスレはこれ以外は全て削除の方向で
常に毎週本スレ１つと、終了後に感想スレ１つで進める。

当然１スレじゃすぐに終わるだろうけども、無くなるよりはマシだろうし
その内に自重して、うまく1週毎にスレを使いきろうとするようにみんな努力できるのでは。
勿論例えばなので、週に２スレづつとかでもいいと思うし
それらの詳細は運営側で決めてもらうという方向で

こういった形が可能なのであれば、種だからとかに限らず
今後そういう作品が出ても、進めていけるだろうし素人ながらにどうかなと思います。
全然無理な感じですかね・・？