要するに、広告やローカルルールの更新が迅速に反映されて欲しいってことですよね？

だったら、
・更新チェックした時刻(Ａ)と、チェックする対象ファイルの最終更新時刻(Ｂ)をセットで記録
・実行される度に現在時刻と(Ａ)の差を調べ、300秒を超えていたら(Ｂ)の更新時刻をチェック
　(Ｂ)が更新されていたら、メモリ上の(Ｂ)ファイルのデータを更新し
　メモリ上の(Ｂ)の更新時刻のデータも新しいファイルにあわせる
・内部的に保持している(Ａ)の時刻を更新
という流れが良いのではないかと思います。