FreeBSDでPHPをportsから入れているなら、

cd /usr/ports/www/pear-APC
make install

でインストールして、

extension=apc.so

を、/usr/local/etc/php/extensions.ini に追加して、
httpdを起動しなおせばOKです。

APCにしてもPHPAにしても、
入れた場合httpd一つあたりのメモリ使用量が増えるので、
httpdをぎりぎりまで増やしている場合、ご注意を。