root氏乙です。
提案なのですが、apacheとかバックエンドの優先度下げてみては
いかがですか？（nice,renice）
非常時にログインできないと対策できないでしょうし・・・。
IPFirewallいれておけば、緊急時に軽負荷で弾くこともできます。
御一考を・・・。