大カテゴリ内の仕切り方ですけど、幾つかアイデアがあるです。
ネーミングがちょっとアレですけど。

・大カテゴリと同じサブカテゴリは、極力無くしてみる（無理ならそのまま）。
　その代わり、「総合」（仮）というカテゴリを設けてみるとか。
　（例えば、「漫画・アニメ」に「総合」を設けると、アニメ漫画速報と　
　アニメ漫画業界が、そこに加わる感じ。あと、サロンもここに集めるといいかも）。

・大カテゴリをまたいで、重複登録するものは、「関連板」or「その他」カテゴリを、
　各大カテゴリの最後に設けて、そこに入れてみるとか（どちらの大カテゴリが、主か
　従か、というあたりを、多少なりとも明確にするって意味合い。無くてもいいけど）。

やり方は色々あると思うんで、あくまでまだアイデア出しで。