サブカテゴリ分けの話題と若干ずれるが、

2ch検索に「カテゴリ及び板名（略称含む）検索機能」を実装して、bbsmenuのトップに置く
検索結果は右側のウインドウに表示する。

この案はどうだろう？

サブカテゴリ分けと同時に採用すれば、
板を見つけ辛いという問題はあらかた解決すると思う。