>>464
Shift_JISがどの段階でエラーを起こしているのか分からないが、
ファイルの読み込みの段階なら、Shift_JIS1文字にマッチする正規表現を
使って切り分ければ良いし、(エンコードよりはコストが安いはず)、正規表現の段階なら
Shift_JIS文字列だけquotemetaすれば良いし、Perlスクリプト内の埋め込み文字列に問題があるなら、

chop($a = <<'EOF')
aaaa
EOF

でOK。