read.cgiやime.nu単独の問題ではなくて、
リクエストを送るクライアント側の問題です。
(この件は、旧read.cgiの頃にも何度か要望されています)

つまり、ブラウザがURIに含まれる#以前だけをサーバー(この場合はime.st)に送り
ime.stからのジャンプ画面内で#以降のタグ名を探してそこに移動しようとするからですね。

もしジャンプ画面を今のままで何とかするのであれば
"#"を別の文字に置き換えてime.stへのリンクとし
ime.stで再びその文字を"#"に戻す、という処理にする必要があるかと思います。