ここに書いてあったっぽ
http://pc7.2ch.net/test/read.cgi/software/1124859118/

・「ツール」→「オプション」→「接続」タブで、「２ちゃんねるボード一覧URL」の欄に
　http://menu.2ch.net/bbsmenu.html をコピー＆ペーストしてから追加ボタンをクリックする
または
・ﾊﾞﾀ50リリース3にアップグレードしてから、ギコナビを終了した状態で、
　ギコナビのインストールフォルダにある url.ini を削除する
　（こちらの方法では、以前に自分で入力した板更新用URLがあっても消えてしまうので要注意）

後はメニュー[ファイル]−[板更新] を行ってください。