ハードウェア的な問題はないのでしょうか？
具体的にはHDDとかメモリとか。

FreeBSDではなくてLinuxの話ですが、HDDが死にかけの時は、
コマンド入力したらSIGBUSで落ちたりしてました。
今回の件とは違うので、参考にならないかもですが。