今日、別のマシンのIE6で見たらリロードしても文字化けしていませんでした。もしかしてサーバー側で何か変りましたか？

ところで、

httpReq.open("GET", urlPrefix + "../" + paths[1] + "/dat/" + paths[2] + ".dat", false);
httpReq.send(null);
texts = httpReq.status == 200 ? httpReq.responseText.split("\n") : ["[エラー]<><>[エラー]<>[" + httpReq.statusText + "]<>[エラー]", null];

この部分ですが、このままですと着信待たずにresponseText要求して失敗する可能性が高いので、たとえば、

httpReq.onreadystatechange =function () {
texts = httpReq.status == 200 ? httpReq.responseText.split("\n") : ["[エラー]<><>[エラー]<>[" + httpReq.statusText + "]<>[エラー]", null];
}
httpReq.open("GET", urlPrefix + "../" + paths[1] + "/dat/" + paths[2] + ".dat", false);
httpReq.send(null);

オーソドックスにこんな方が良いのではないかと思います。