ということで、本件、段階的にすすめていくといいのかしら。
こんな感じですかね。

(方法a)

1) まずは設定スクリプト A と B (いずれも仮名)の名前や動きを知る ←いまここ

※ A と B の定義: A は「フル機能」、Bは「サブ機能」だとしてみる:
(実情はよくわからないけど、たぶんサブセット版が必要になったんだと思うから)

2) A にあって B にない機能のうち、B にも必要な機能については
B にも機能を適宜追加し、使い方を B を使っている変更人さんに伝える

3) 将来的にそれが必要かつ可能で、そのほうがメンテナンスコストが少ないなら、
設定スクリプトを統一することを考慮する

4) もし 3) をやった場合、結果として名前や使い方が変わるかもしれないので、
変更人さんたちに、その情報をお伝えする

(方法b)

1) は上と同じ

2) B を廃止してしまって、A だけにする
すべての変更人さんに A を教えて、B は廃止にする

方法aの方が変更人さんにかかる負担が少なくて、
方法bだとスクリプトのメンテナンスコストが減るのかな。
他にも、何かいい案があるのかもしれない。