今、URLに &fade=1 をつけるとHTMLポップアップのフェードアウトが
有効になるようにしてます。比べて試してみてください。
http://p2.2ch.net/p2/read.php?host=qb5.2ch.net&bbs=operate&key=1162550551&fade=1

多分体感的な影響か、あるいは、HTMLポップアップで読み込む
対象ページによって、表示応答が変わるので。

HTMLポップアップの方は、フェードアウトしないほうがすっきりするかな？