ぱっと思いつくのは、
ファイルやディレクトリの作成・更新について cgi と dso を混在させず、
全て dso (or 全てcgi)でやることにして、
http を起動しているユーザで、あるディレクトリだけ書けるようにするとかですか。

例えば chmod 777 しておき、そこを使うとか。