前に試したことあるけど、
system('./updata.cgi &');
とかでWindowsだと"/"じゃなくて"\"じゃないとうまく動かない。

でも単にソース書き換えただけだとmd5チェックNGでDLしなおしちゃうから、
素直にUnix系鯖で使いましょう。