現状のまとめ:

・CPUTYPE=core2 が指定されていると、64bit 環境では毒入りのバイナリができる模様。
・現在、カーネルについては別サーバからファイルをコピーし、毒を抜くのに成功。
・これから、カーネル以外の全バイナリの毒を抜く必要がある。

・ちなみにmaido3 なサーバでは、CPUTYPE=core2 に加え、
CFLAGS= -O -pipe
COPTFLAGS= -O -pipe
も同時に指定されていたため、
オプティマイズがデフォルトの -O2 から一段階「手加減」されていて、
かつ、カーネル以外は作り直していないので、たまたま被害を免れた模様。

ということで、gcc のバグか仕様変更なのではないかと推測。

ちなみに CPUTYPE=core2 をつけると、
-march=nocona というオプションが gcc に付加される模様。