今確認してみましたが(atacontrol のソースを少し読みました)、
/dev/ata を単にモード 640 (operator に対して read only) に
変更するだけではうまくいかないですね。

/dev/ata を Read/Write で open できないと動かないようなので、
モード 660 にしないとだめなようです。
つまり operator でも ata デバイスを操作できるようにすると。

それを設定すれば、ディスクのデバイス自体は現在の 640 のままでいけるようです。