> phpが呼ばれるたびにユーザデータの（HDD、もしくはキャッシュからの）読み込みが行われるんですか？

深くは読んでないので一概には言えないのです、、が、p2のロジック的に読み込みが走る部分はそれなりに多いと思います。
ただ、いろんなサーバーで動くことを考慮したりすると、互換性のためにそのような仕組みにする必要があるのも頷ける部分は多いと思います。

> 現状、find検索とp2（モリタポの）認証APIサーバが同じサーバだと思うんですが、それを分割できないんですかね？

おっしゃるとおりです。。僕の判断でどこまでの範囲を話していいのかわからないのであまり深いことはいえないですが、
各サービスが足を引っ張らないような独立性を保つことは、今の2ch検索を含む、いろんなサービスにいえることだな、と思います。


> CPUが余ってるならそれこそRAMストレージでいいのではないかと（容量が足りるなら）。
こちらもそのようにしたい！ですが、分散サーバーがたくさんある、というものなので残念ながら一台あたりのマシンはそこまでパワーがありません。。
確かに省コストでやるならそれも手なのですが、自由に使えるバッファキャッシュがあったほうがプログラムがすぐできるよ！という部分もあるので、SSDを押していたのでした。