index.htmlとかsubject.txtとかはApacheモジュールで出力すればいいんじゃね？
そしてそういったファイルはディスクに書き込まずメモリ上に置く。

鯖が落ちたら鯖再起動後の最初のリクエストで自動復旧するように組めばジンギスカンの欠点解消になるし、
bbs.cgiから呼び出す更新プログラムに、ロックされてたら待たずに帰る細工をしておけばsaborinみたいな更新が遅れる欠点もなくなる