勘100%ですが、

・Perlをpackagesから入れた
・Perlモジュールもpackagesから入れた

のかもですね。

この場合、モジュールのつくりによってはしくる場合があるかもしれません。

・Perlをpackagesから入れて(あるいは、安全を見るならportsから入れて)
・Perlモジュールは*そのPerlを使う形で*portsで入れる

というふうにすると、こういうのは起きにくい気がします。

# 私がサーバ作る時は、Perl、Perlモジュールともにportsから入れています。