勘100％ですが、

・Perlをpackagesから入れた
・Perlモジュールもpackagesから入れた

のかもですね。

この場合、モジュールのつくりによってはしくる場合があるかもしれません。

・Perlをpackagesから入れて（あるいは、安全を見るならportsから入れて）
・Perlモジュールは＊そのPerlを使う形で＊portsで入れる

というふうにすると、こういうのは起きにくい気がします。

# 私がサーバ作る時は、Perl、Perlモジュールともにportsから入れています。