本来なら一葉さんを呼び出して聞くことなのでしょうが…。

結論から言うと、
削除に関係あるのは完結したかではなく、次スレに移行したかどうかだと思います。
というのは次スレに移行した場合は削除しないという
暗黙のルールがあるからなのです。

次スレに移行したスレの削除をすると、
容量オーバーで書きこめなくなったスレが書きこめるようになり、
前スレと現行スレでスレが重複してしまいます。
重複スレというのは削除対象になるため、
それを防ぐために削除をしないというのが理由だったはずです。

可読性に関しては削除されない以上、
保管サイトを作ってそちらを見るなり（Legend of〜にはあるようですし）、
2ch専用ブラウザのあぼーん機能を使うなりしてもらうしか
ないんじゃないかと思います。