重複状態のスレに対するレス削除は原則として行われない、
と言われたんですが、重複状態のスレのレス削除は行ってはならない、
という通達っぽいものが出ているのですか？

それとも単に削除処理をする人が少ない、というだけでしょうか。

両者ともに情報価値がある場合は、
無関係の荒らしレスの連投とかを削除した後で片方をスレストしていただけると、
過去ログが読みやすくなるから個人的には嬉しいんですが。