水遁する前に対象スレッドをリロードすれば ある程度までは 防げるのではないかと

「ある程度まで」以上にそういう誤爆事象を抑止したいなら、透明処理もしくは水遁のどちらか（おそらくは前者）の実行時にファイルのLockをするようにしなければならないだろうけど
そこまでを目指すなら批判要望板か樺太でプレゼンすべきだと思うんだ