削除ガイドラインにも書いてあるんだけど
何で揉めるのかわからない

http://info.2ch.net/guide/adv.html

削除の優先度について
　項目の後ろに＊がついているものは、削除の優先度が高い重要削除対象です。
　スレッド処理の対象でも対象部分をレス処理することができます。


よって重要削除案件以外は
スレッド削除対象＝レス削除はしない

自分がスレッド削除対象でないと思うならレス削除はしてもいい
結局はスレッドの判断が先に来るんじゃないのかな？