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御崎市に住む平凡な日常を過ごしていた高校生・坂井悠二は、
とある一人の少女の出現と共に非日常の世界に巻き込まれた。
その少女、『炎髪灼眼の討ち手』は、紅世の徒を討滅するフレイムへイズの一人。
彼女は悠二に、彼が「すでに亡き存在」であることを告げ、特殊なトーチである悠二を狙う紅世の徒から護る事になる。
そんな彼女に悠二は「シャナ」という名前をつける。二人は反発しながらも、少しずつ惹かれ合っていく…。