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水遁するとレベルが下がるってのはご存知ですよね?
水遁されるのと同じで、忍者IDで判断しているなら書き戻しても意味が無いような気がするます

つまり
1.水遁してレベルが下がる (Lv=30)
2.一度書き戻してLv=40になる
3.!ninjaしてレベルの確認が行われたとき、一度レベルが下がったものだと判断されて強制的に元に戻された

水遁されたとき、バックアップを取っておくといくらでもすぐ復活できる、
という当初の穴をふさいだ結果のものだと思います