運営の人がおそらくここに居ないので、誰も説明しないスレ担っているとは思うけれど、
取り敢えず件のスレでJm氏が言っていることは
「運営のスタッフには、（通常の管理業務を遂行しうるだけの十分な権限をもった）アカウントを持っている
然しながら運営は、（そのことを横においておいて　マシン全体の管理権限である）root権限を欲してきた。
これまでroot権限は与えていない」

root権限はマシン全体の設定やユーザの追加・削除、サービスの追加と削除を行う事ができる最高権限。
通常Web鯖ぐらいであればroot権限を運営スタッフ全員に配布することはまず無いし、
過去ログ削除ぐらいならば、公開されているディレクトリに書き込みができるユーザーで充分

過去に過去ログ含めて削除出来ていたのであれば、今出来ていないのは次のどれかだろうな
・過去ログの削除の仕方を知らない
・過去ログの削除の仕方は知っているが、責任を取りたくないので鯖屋に責任転嫁
・この惨事を利用して鯖を乗っ取ろうと画策なう