まず、httpd が腐っていたです(これは実際に確認しました)。

root 権限なしのサーバは「どばっ」とか「どーん」には強くないです。
というかそういうセッティングです。どくおさんの日記にもその旨あります。
どこだったかな。httpd の待機数を少なくしてある話。

あと今回、ログインそのものにも時間かかっていたので、
帯域もあふれていたかもしれないです。
(これは今となっては確認のしようがない)