通常に削除するとレスが「あぼーん」に置き換わります。
例えば削除対象が大量にある場合「あぼーん」だらけの
平原ができあがるので削除しないことがあります。

透明削除するとレスが消えます。
ただしその場合、後ろで>>でアンカーしているとレス番がずれます。
レスアンカーが多い場合削除しないことがあります。

その他にもいろいろな状況が考えられますが、
削除しないのが基本なんで、そういうもんだと思ってください。