俺が普段ちょっと企画用とかで使うmacのフリーソフトだと、
こうなる
http://imgur.com/OouF68i.jpg

単に、肌色の丸を「元図の前面に置くか、背面に置くか」だけ
だから前面に置けば当然丸の下になった部分は隠されちゃう

背面におけばもちろん線画は維持されるが、眼の中も髪の中も
フツーに肌色で塗られてて、>>494みたいに眼のとこがちゃんと
抜けてたりはしないんだ

まぁ結合してない状態なら、「こういう見え方のまま、背面の丸
だけを編集する」ことも出来るので、ちまちま眼の中を消しゴムで
消していけば同じ状態にはなるんだけどな