お疲れ様です、
http://qb3.2ch.net/test/read.cgi/operate/1077296381/94,129,132 より、
.htaccessで
options +multiviews
を指定し、拡張子なしでスクリプトにアクセス、かつURI中の「?」以前に「%23」「%3f」等の文字列が含まれている場合、
サーバが正常なQUERY_STRINGを受け取っていない、(「%23」「%3f」をデコードし、それぞれ「#」「?」として解釈している)
という現象が発生しております。

http://c.2ch.net/tmp/test.php
http://c.2ch.net/tmp/test

○ http://c.2ch.net/tmp/test.php?hogehoge
○ http://c.2ch.net/tmp/test.php/%23test/?hogehoge
○ http://c.2ch.net/tmp/test?hogehoge

× http://c.2ch.net/tmp/test/%23test/?hogehoge

この現象について何かお知恵を拝借できれば幸いです。
よろしくお願いいたします。