んー、ドメイン名が変わるとかじゃない限り、hosts対応だけで大丈夫じゃないの?
どんなcgiかわからないけど、ドメイン名変わらないのに動かなくなる、なんてことは
考えにくいような。サーバ側で名前解決ちゃんとできるように弄る必要あるかもしれないけど。