こんなかんじで。-I/usr/local/include して、 -L/usr/local/lib してくださいです。

コンパイル例:
% gcc -O2 -I/usr/local/include -o iconvsample iconvsample.c -L/usr/local/lib -liconv

ソース例:
#include <stdio.h>
#include <iconv.h>

int main()
{
iconv_t cd;
const char *from = "こんにちは";
char to[BUFSIZ];
const char *fromvec[] = { from, NULL };
char *tovec[] = { to, NULL };
size_t fromlen = strlen(from);
size_t tolen = sizeof(to);

cd = iconv_open("utf-8", "shift_jis");
if (cd == (iconv_t)(-1)) perror("iconv");

iconv(cd, fromvec, &fromlen, tovec, &tolen);
iconv_close(cd);

printf("UTF-8: %s\n", to);
return 0;
}