投票自体に不満がある人たちの意見をまとめるとこんな感じかな

1.告知や事前の議論が十分ではない
2.住人以外の人々が数多く投票しているのではないか
3.IPを出しての投票にためらいを覚える人が特に匿名を好むID反対派には多いのではないか
4.そもそも多数決で決めるべきことなのかが疑問

1についてはやり方の問題で不満を解消することは可能
2については忍法帳を使ってとかあるけど小さな板だと難しいかも
3についてはデータがないので実際にどうなっているのかは不明(それこそアンケしたい)
4については一票でも多い方を申請とか単純化せずに半々くらいなら分割してみるとか期間限定で導入とかフレキシブルにやっていけばいいと思う