＞バケツでやるとなんか汚くならないですか

どんな方法であれ結局下塗りの手作業による直しは必要かと

＞よく色塗りのメイキングとか見てるとなんか最初に濃い色塗ってますけどあれなんなんですか？

これだけじゃわからん
マスクの話か、あるいは色の塗り忘れを防ぐための濃色下塗りだと思う(肌色とかだと白と区別つきにくいから)
塗ったあと色調整してるんなら後者

＞あとペンで普通に塗ってる人いますけど重ねて塗ると色が濃くなっちゃうんですが

それは単純にペン設定いじれ