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いまいち表現がよく理解できないけど、多分そういうことです(^_^;)
つまりテーブルを２つ持つかあるいは同じテーブルに２つのデータを入れる・・・と
で、bbs.cgiが自分のサーバあるいは書き込みしようとしている板の名前と比較して
動作を切り分ける・・・・

つーか、単なる力技なので、どういう実装でもできちゃいます(^_^;)
で、効率のいい実装ならそれなりに技術持った人がいっぱいいるわけで
実装するだけで問題が解決するならやればいいってくらいのもんです。